Последовательность дат в R

Question

Мне нужны все дни, когда пациент находится в больнице, дни между AufnDat и EntlDat. Я использую seq с mutate, как показано на рисунке. Я получаю ошибку: Ошибка в seq.Date (from = dmy (AufnDat), to = dmy (EntlDat), by = "day"): 'from' muss Länge 1 haben

    ``` r
library(tidyverse)
library(lubridate)
#> 
#> Attache Paket: 'lubridate'
#> The following object is masked from 'package:base':
#> 
#>     date

df <- tibble::tribble(
         ~PLZ,     ~AufnDat,     ~EntlDat, ~Stat1,
        67067, "22.01.2020", "23.01.2020",   "1A",
        74936, "21.01.2020", "23.01.2020",   "1A",
        97999, "21.01.2020", "27.01.2020",   "0A",
        76669, "15.01.2020", "17.01.2020",    "1",
        69126, "07.01.2020", "13.01.2020",   "0A",
        68753, "13.01.2020", "17.01.2020",   "1A",
        74928, "23.01.2020", "28.01.2020",   "2A",
        64720, "10.01.2020", "13.01.2020",    "1",
        48599, "16.01.2020", "22.01.2020",   "0A",
        68723, "07.01.2020", "13.01.2020",   "0A"
        )

df <- df %>% mutate(seqdat = seq(from=dmy(AufnDat), to=dmy(EntlDat), by="day"))
#> Error in seq.Date(from = dmy(AufnDat), to = dmy(EntlDat), by = "day"): 'from' muss Länge 1 haben

``` 
if I try the same for one row without mutate it works

``` r


## this works:

seq(from=dmy(df[1,2]), to=dmy(df[1,3]), by="day")
#> [1] "2020-01-22" "2020-01-23"
```

^{Создано в 2020-02-21 с помощью пакета prex (v0.3.0)}

В чем разница и моя ошибка?

Answer 1

Вместо ответа @akruns мы можем сохранить seqdat в виде списка списков:

library(dplyr)
library(lubridate)
df_new <- df %>% 
  mutate(ID = row_number()) %>% 
  group_by(ID) %>% 
  mutate(seqdat = list(seq(from=dmy(AufnDat), to=dmy(EntlDat), by="day"))) %>%
  ungroup()

df_new теперь:

df_new

 # A tibble: 10 x 6
 # Groups:   ID [10]
     PLZ AufnDat    EntlDat    Stat1    ID seqdat    
    <dbl> <chr>      <chr>      <chr> <int> <list>    
 1 67067 22.01.2020 23.01.2020 1A        1 <date [2]>
 2 74936 21.01.2020 23.01.2020 1A        2 <date [3]>
 3 97999 21.01.2020 27.01.2020 0A        3 <date [7]>
 4 76669 15.01.2020 17.01.2020 1         4 <date [3]>
 5 69126 07.01.2020 13.01.2020 0A        5 <date [7]>
 6 68753 13.01.2020 17.01.2020 1A        6 <date [5]>
 7 74928 23.01.2020 28.01.2020 2A        7 <date [6]>
 8 64720 10.01.2020 13.01.2020 1         8 <date [4]>
 9 48599 16.01.2020 22.01.2020 0A        9 <date [7]>
10 68723 07.01.2020 13.01.2020 0A       10 <date [7]>  

и

df_new$seqdat[1]

Возвращает:

[[1]]
[1] "2020-01-22" "2020-01-23"

Answer 2

Мы можем использовать map2 до l oop для каждого из 'Aufndat', 'EntlDat', чтобы получить последовательность 'Date', поскольку seq не векторизовано для from, to. Это будет столбец list, который мы можем unnest расширить для набора данных

library(dplyr)
library(purrr)
library(tidyr)
df %>%
   mutate(seqdat = map2(dmy(AufnDat), dmy(EntlDat), seq, by = 'day')) %>%
   unnest(c(seqdat))