Это происходит потому, что используемый вами (старый) плагин flyway-sbt предназначен только для SBT 0.13.x.
Посмотрите на новый сайт flyway-sbt: https://github.com/flyway/flyway-sbt
Используйте addSbtPlugin("io.github.davidmweber" % "flyway-sbt" % "6.2.0")
в вашем plugin.sbt
, если вы хотите использовать пролетный путь с SBT 1.x.