Не используйте мультиплот и две отдельные команды печати. Multiplot используется для размещения нескольких графиков рядом друг с другом, а не для их наложения. Вместо этого используйте одну команду plot с двумя компонентами, разделенными запятой. Поскольку вы строите график из одного и того же файла дважды, второе имя файла может быть ''
plot '22_2_trapel_total.csv' u 1:3 w l lt 1 lc rgb 'red' lw 1.5 title 'r5_z0', \
'' u 6:7 w l lt 1 lc rgb 'red' dashtype 0.5 lw 1.5 title 'new_r5_z0'