Нет, вам не нужно перекомпилировать, но вы должны запустить приложение с параметрами, такими как:
-Xdebug -Xrunjdwp:transport= dt_socket,address=1044,server=y,suspend=n
Порт здесь 1044, конечно, можно изменить.
Если ваше приложение работает, откройте диалоговое окно отладки и присоедините отладчик eclipse к JVM приложения, используя «Удаленное приложение Java» / New
РЕДАКТИРОВАТЬ: я забыл упомянуть, что это требует, чтобы предварительно скомпилированное приложение запускалось извне. Если вы не хотите запускать его из затмения, вам придется перекомпилировать его, иначе затмение не сможет найти класс 'Main' для выполнения.