В нем говорится, что у вас должен быть только 1 файл .env, что означает 1 на развертывание.
Так что для каждого нового развертывания вы можете иметь разные значения .env. У dev, test, prod будут разные значения, но у каждого будет только 1 файл.
Способ подготовки файла .env для разных этапов зависит от используемых инструментов и среды.