Я изучаю, влияют ли параметры окружающей среды на состав сообщества root грибов, живущих в симбиозе с буками в лесу. Поэтому я выполняю RDA с набором данных об отсутствии присутствия сообщества и набором данных об окружающей среде, который содержит непрерывные параметры окружающей среды (pH, влажность почвы ...) и категориальный параметр «Регенерация», который имеет 4 класса, соответствующих стадии развития бук (SNReg и SReg - саженцы, RegLow и RegHigh - саженцы).
При построении RDA со всеми включенными моими параметрами, а затем после выбора шага вперед этот категориальный параметр отображается в виде центроидов, а не стрелок, как предполагается. Тем не менее, пошаговый отбор показал, что долгота сильно влияет на состав сообщества. Поэтому я хотел сделать частичную RDA, чтобы увидеть, как влияют параметры окружающей среды, с поправкой на влияние долготы. Однако теперь категориальный параметр «Регенерация» отображается в виде стрелок, а не центроидов, а признается как фактор. Если я вызываю сводку RDA, то нет никаких центроидов для факторных ограничений, а фактор «Регенерация» включается только в оценки биплота для ограничивающих переменных. Замена на фиктивные переменные также не решила эту проблему.
Я размещаю изображения графика RDA с центроидами, а частичный график RDA без центроидов, где регенерация изображена в виде стрелок.
Рисунок 1 - график RDA, где категориальная переменная «Регенерация» правильно изображена как центроиды
Рисунок 2 - график частичного RDA где категориальная переменная «Регенерация» неверно нанесена в виде стрелок