Я видел похожие вопросы, но не совсем такие, как у меня: Используйте переменную Bash в сценарии SLURM sbatch , потому что я не говорю о параметрах слерма.
Я хочу чтобы запустить задание slurm для каждого из моих файлов примеров, представьте, что у меня есть 3 vcfs, и я хочу запустить задание для каждого из них:
Я создал скрипт для l oop через файл, в котором Я написал sampleIds для запуска другого скрипта с каждым образцом, который отлично работал бы, если бы я хотел запустить его напрямую с bash:
while read line
do
sampleID="${line[0]}"
myscript.sh $sampleID
Проблема в том, что мне нужно запустить скрипт с slurm, поэтому есть ли способ указать slurm переменную bash, которую он должен включать?
Я пытался это, но она не работает:
sbatch myscrip.sh --export=$sampleID