Если вы не хотите удалять все пробелы:
words = ["hi", " ", " ", "hello", " ", " ", " ", " ", "bye", " "]
rv = []
d = " "
skip = True
for i in words:
if i == d:
skip = not skip
if skip:
continue
rv.append(i)
print(rv)
Вывод:
['hi', ' ', 'hello', ' ', ' ', 'bye', ' ']