То, что вы хотите сделать, безусловно, возможно, но для того, чтобы оно было действительно без потерь, оба изображения должны использовать те же таблицы квантования и опцию цветовой подвыборки. Если, например, 2 изображения получены из одного и того же источника (например, камеры), то вы можете быть уверены, что это будет возможно. Вам нужно будет энтропийно декодировать каждый MCU в обоих изображениях, переставлять их так, как вы хотите, а затем повторно энтропийно кодировать их и выводить битовый поток JPEG. Если вы хотите наложить один на другой или обрезать / объединить их на границах, отличных от MCU, то вы столкнетесь с той же проблемой, что и выше, и должны выполнить полное декодирование и перекодирование.