Tomcat запускает только один процесс входа в систему. Этот процесс может решить запросить у пользователя более одного удостоверения, но tomcat не знает об этом.
Итак, вы должны создать фильтр и / или сервлет входа в систему, который обрабатывает аутентификацию для контейнера tomcat. Этот фильтр / сервлет (комбинация) должен запрашивать все необходимые учетные данные.
Если вы не используете платформу для своего приложения, которая уже имеет уровень аутентификации, вы, по сути, пишете свою собственную реализацию 2FA.