Как уже говорилось, эта проблема имеет неприятный запах.
В соответствии с этой запиской о поддержке Flash использует спецификацию для устранения неоднозначности между UTF-16BE и UTF-16LE, что и должно быть. Поэтому вы не должны получать сообщение об ошибке от Flash: XDocument создает правильно сформированный XML в кодировке UTF16, а Macromedia утверждает, что Flash может читать правильно сформированный XML в кодировке UTF16.
Это заставляет меня подозревать, что с какой бы проблемой вы ни столкнулись, это, вероятно, не вызвано спецификацией. Если бы это был я, я бы больше копался, ожидая, что настоящая проблема где-то в другом месте.