Я почти уверен, что проблема в том, что у вас есть 2 компьютера или 2 экземпляра, на которых одновременно работает ваш бот, а значит, ваш бот будет также регистрироваться и слушать команды дважды. Проверьте все процессы, на которых вы работаете этот бот из.