Не в переменную (скаляр), но вы можете определить функцию:
y(v1,v2) = column(v1) / column(v2) / 1000
plot 'data1.csv' using 1:(y('a','b')) with linespoints title 'data 1'
В вашем конкретном случае функции не нужно принимать фактические идентификаторы столбца в качестве параметров, потому что они постоянны. Таким образом, возможна более простая функция с одним фиктивным параметром
y(dummy) = column('a') / column('b') / 1000
plot 'data1.csv' using 1:(y(0)) with linespoints title 'data 1'