В этом вопросе не так много деталей. Но при условии, что HTML-сетка генерируется на стороне сервера (не в javascript).
Затем добавьте классы к флажкам, которые вы хотите проверить. И переберите DOM, ища все флажки с этим классом. В JQuery :
HTML:
<html>
...
<div id="grid">
<input type="checkbox" id="checkbox1" class="must-be-checked" />
<input type="checkbox" id="checkbox2" class="not-validated" />
<input type="checkbox" id="checkbox3" class="must-be-checked" />
...
<input type="checkbox" id="checkboxN" class="must-be-checked" />
</div>
...
</html>
Javascript:
<script type="text/javascript">
// This will show an alert if any checkboxes with the class 'must-be-checked'
// are not checked.
// Checkboxes with any other class (or no class) are ignored
if ($('#grid .must-be-checked:not(:checked)').length > 0) {
alert('some checkboxes not checked!');
}
</script>