с * .aligned.sorted.bam.featureCounts, но без * .ex.featureCounts или * .in.featureCounts

Question

Кто угодно,

Я играл с

$zUMIs-zUMIs.0.0.6/zUMIs-master.sh -f barcoderead_HEK.1mio.fq.gz -r cDNAread_HEK.1mio.fq.gz -n 1 -g /home/li/reference/hg38_chr22 -a /home/li/reference/hg38_chr22/GRCh38.84.chr22.gtf -c 1-6 -m 7-16 -l 50 -o /home/li/li01

В моей выходной директории:

У меня есть только файл *.aligned.sorted.bam.featureCounts, но без *.ex.featureCounts и *.in.featureCounts.

Если я помещу эти два файла в свой каталог, он будет работать нормально.

Я попытался выполнить https://github.com/sdparekh/zUMIs/issues/38.

"Похоже, в вашей системе отсутствует команда" ln ". Мы используем ее для связи файлов .ex и .in!"

Я работаю в системе Linux (Ubuntu).

$ sudo apt-get install ln
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
E: Unable to locate package ln

Очень ценю любые предложения и помощь!

Best,

yue

Answer 1

Я думаю, что лучше задать связанные с биоинформатикой вопросы о биостарах https://www.biostars.org/:)

И обычно ln должен быть установлен в R