Вы можете объединить множество аннотаций без проблем. Например, вы можете иметь:
@Column
@XmlElement
private String name;
Таким образом, вы можете повторно использовать один и тот же класс для любых целей, без необходимости копировать его.
Упомянутый вами проект - hyperjaxb3 - делает именно это - он генерирует аннотации JAXB и JPA на основе схемы.