Ошибка координат точки при импорте 3D me sh, сгенерированного из gm sh в fipy - PullRequest
0 голосов
/ 24 февраля 2020

Помогите с импортом файла gm sh в fipy, я перечитал все вопросы относительно gm sh и fipy на этом форуме, но, к сожалению, я не нашел подобной ошибки. Я импортирую 3D me sh, сгенерированный gm sh 3.0.6 (в соответствии с рекомендациями), в FiPy (3.3). В настоящее время я использую python 3,7, и моя операционная система Windows 10, 64-разрядная. Мой slope1.geo файл:

Point(1) = {0, 0, 0, 1.0};
Point(2) = {1, 0, 0, 1.0};
Point(3) = {0.3, 0.7, 0, 1.0};
Point(4) = {0, 0.7, 0, 1.0};
Line(1) = {1, 2};
Line(2) = {2, 3};
Line(3) = {3, 4};
Line(4) = {4, 1};
Line Loop(1) = {3, 4, 1, 2};
Plane Surface(1) = {1};
Extrude {0, 0, 0.8} {Surface{1}; Layers{8}; Recombine;}

Я использовал команду Gm sh gmsh.exe D:\gmsh\slope1.geo -3 -nopopup -format msh3 -o D:\gmsh\slope1.msh для создания файла slope1.msh, а затем написал:

import fipy as fp 
import numpy as np 
import os
mesh = fp.Gmsh3D(os.path.splitext("D:\\gmsh\\slope1")[0] + '.msh', communicator=fipy.serialComm)
np.savetxt("E:\\transfer_data\\gp.txt", mesh.vertexCoords.T,fmt='%f, %f, %f', newline='\n')
np.savetxt("E:\\transfer_data\\ele.txt", mesh._cellVertexIDs.T,fmt='%d, %d, %d,%d, %d, %d, %d, %d', newline='\n')

Производит это предупреждения:

C:\Users\yang\python\python.exe "E:/python projects/data_file/1.py"
C:\Users\yang\python\lib\site-packages\fipy\meshes\gmshMesh.py:781: SyntaxWarning: Partition count 8 does not agree with number of remaining tags 0.
  facesData) = self._parseElementFile()
C:\Users\yang\python\lib\site-packages\fipy\meshes\mesh.py:201: RuntimeWarning: invalid value encountered in true_divide
  norm = norm / numerix.sqrtDot(norm, norm)
C:\Users\yang\python\lib\site-packages\fipy\meshes\mesh.py:205: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  orientation = 1 - 2 * (numerix.dot(faceNormals, self.cellDistanceVectors) < 0)
C:\Users\yang\python\lib\site-packages\fipy\meshes\mesh.py:219: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  orientation = 1 - 2 * (numerix.dot(self.faceNormals, faceCellToCellNormals) < 0)
C:\Users\yang\python\lib\site-packages\fipy\meshes\mesh.py:256: RuntimeWarning: invalid value encountered in true_divide
  faceTangents1 = tmp / numerix.sqrtDot(tmp, tmp)
C:\Users\yang\python\lib\site-packages\fipy\meshes\mesh.py:363: RuntimeWarning: invalid value encountered in true_divide
  return self._scaledFaceAreas / self._cellDistances

Наконец я проверил, slope1.msh gp.txt и ele.txt нашли много координат точек в gp.txt, равны 0,0,0, в то время как slope1.msh ele.txt, я думаю, хорошо это ошибка импорта, но я не могу понять это. Любой указатель приветствуется. Большое спасибо заранее!

1 Ответ

0 голосов
/ 24 февраля 2020

FiPy понимает только Гм sh М SH формат версии 2.

Либо

gmsh.exe D:\gmsh\slope1.geo -3 -nopopup -format msh2 -o D:\gmsh\slope1.msh

или

mesh = fp.Gmsh3D("D:\\gmsh\\slope1.geo")
...