Я собираюсь сделать 3d график траектории одной молекулы. Во-первых, я обнаружил указанную c молекулу, которую я хочу представить в VMD, затем я пометил ее и прочитал ее остаток. Затем я создал индексный файл этой молекулы и записал в нее файл траектории:
gmx traj -f input.xt c -s input.tpr -n молекуле.ndx -ox молекуле .xvg
Далее я использовал gnuplot, чтобы увидеть его трехмерный график, поэтому я написал:
set terminal pngcairo set output "молекулу.png" splot "молекулу. xvg "u 2: 3 wl", молекуле.xvg "u 2: 4 wl," молекуле.xvg "u 3: 4 wl
Но gnuplot отправил сообщение об ошибке с примечанием, что I нужно 1 или 3 столбца для декартовых данных.
Я застрял с этой проблемой. Я предполагаю, что проблема скрыта в файле экспорта gromacs .xvg, но я прочитал в документации, что функция -ox создана для создания файлов траектории и в основном экспортирует траекторию оси X, Y, Z.
Я бы рад, что кто-то поможет мне с этой проблемой.