Конечно можно.
Механизм маршрутизации от BizTalk ESB Toolkit 2.0 поддерживает службы WCF.
Поддерживаются все привязки WCF, включая настраиваемые привязки, доступные из различных адаптеров WCF.
Могут быть указаны все свойства Endpoint-запроса-ответа.
Но служба WCF, используемая из ESB Toolkit, не обязательно должна размещаться в IIS. Пока существует соответствующая привязка для службы, вы сможете использовать ее.
Могу ли я предложить вам задать вопрос только для ответа да или нет. У вас есть какие-то трудности с использованием дизайнера маршрутов?