Pypy - альтернативный интерпретатор Python (который внутренне использует компилятор "точно в срок"). Это не компилятор. Поэтому невозможно скомпилировать модуль для запуска через PyPy. Их FAQ содержит вопрос «Не удалось ли JIT создать дамп и перезагрузить уже скомпилированный машинный код?» , и ответ «нет».
Также невозможно запустить отдельный модули в PyPy, когда остальные используют CPython. Вам либо нужно запустить всю программу в том или ином другом (или использовать системные вызовы, как вы делаете).
Она имеет возможность переводить R Python (ограниченное подмножество Python, где ограничения в основном недокументированы) для исполняемого файла, который он использует для создания самого себя. Это не рекомендуется. .
Таким образом, то, что вы пытаетесь сделать, невозможно, и оно далеко от цели PyPy.