На данный момент лучше всего ставить Cython , а не PyPy.Он имеет производительность на уровне c, если вы добавляете объявления типов, и отличную интеграцию с numpy и др.
В настоящее время люди работают над тем, чтобы он хорошо работал с PyPy, но это еще далеко.