Технически их не нужно компилировать вместе, и в существующий предварительно скомпилированный файл .aab можно добавить динамический c функциональный модуль (DFM).
Однако я не знаю сегодня это инструмент, который сможет скомпилировать их отдельно и правильно вставить DFM в AAB. Вы можете попробовать сделать один, хотя, это не должно быть слишком сложно, учитывая, что AAB - это просто zip-файл, а формат документирован и имеет открытый исходный код.
Единственное, в чем действительно нужно убедиться, так это имя пакета и код версии одинаковы для всех модулей.