letsencrypt certbot выполняется как root, поэтому его выходные файлы принадлежат root, поэтому только root может получить доступ к вашему файлу /etc/letsencrypt/live/domainname/cert.pem
самое простое решение - войти в систему как root и скопировать эти файлы в другом месте и сделайте их принадлежащими вашему обычному идентификатору пользователя ... вы не говорите, в какой ОС вы работаете, однако вот как на linux
sudo mkdir /some/tlscertdir # make new tls certificate dir
sudo cp -r /etc/letsencrypt/live/domainname /some/tlscertdir/ # copy dir from to
sudo chown -R mynormalid:mynormalid /some/tlscertdir # recursively change owner to given userid of given dir
затем запустите ваш сервер как обычный идентификатор пользователя (mynormalid )
bokeh serve /var/www/domainname/example.py --allow-websocket-origin=domainname:5006 --ssl-certfile /some/tlscertdir/domainname/cert.pem
Я настоятельно советую вам не запускать сервер под root. Никогда не запускайте сервер как root