Сообщение об ошибке при установке пакета xml2 R - PullRequest
Новая
       137

Сообщение об ошибке при установке пакета xml2 R

1 голос
/ 02 мая 2020

После обновления до R 4.0.0 на моей машине Windows я не могу установить некоторые пакеты, такие как xml2 (то же самое касается foreign и nnet). При попытке установить я получаю следующее сообщение об ошибке: 

* installing *source* package 'foreign' ...
** package 'foreign' successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs

*** arch - i386
"c:/rtools40/mingw32/bin/"gcc  -I"C:/PROGRA~1/R/R-40~1.0/include" -DNDEBUG          -O2 -Wall  -std=gnu99 -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign -c R_systat.c -o R_systat.o
sh: c:/rtools40/mingw32/bin/gcc: No such file or directory
make: *** [C:/PROGRA~1/R/R-40~1.0/etc/i386/Makeconf:222: R_systat.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package 'foreign'
* removing 'C:/R-PKGS/win-library/3.6/foreign'
* restoring previous 'C:/R-PKGS/win-library/3.6/foreign'
Warning in install.packages :
  installation of package ‘foreign’ had non-zero exit status

Основная причина установки пакета xml2 заключается в том, что я хочу использовать пакет tidyverse, но при попытке запустить library(tidyverse) Я получаю это сообщение: 

Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’:
 package ‘xml2’ was installed before R 4.0.0: please re-install it

Поэтому я предполагаю, что мне придется решить проблему, возникающую при попытке установить пакет xml2, поскольку это может произойти в будущем, когда другие пакеты должны быть обновлены.

С уважением, Андрес

1 Ответ

2 голосов
/ 02 мая 2020

R 4.0 на Windows сопровождается новым набором инструментов rtools40, который можно установить отдельно. Набор инструментов содержит компиляторы и другие инструменты программирования для установки пакетов исходного кода на Windows, в то время как компиляторы обычно уже доступны на системах Linux. Набор инструментов может быть установлен из CRAN , но это обычно не требуется, если установлены только предварительно скомпилированные «двоичные пакеты».

Иногда может возникнуть дополнительная путаница, если пакеты из разных версии R устанавливаются в той же папке, так называемой «личной библиотеке», в Windows по умолчанию: 

c:\users\<username>\R\win-library

... или в другой указанной пользователем папке. После обновления до новой версии R будет хорошей идеей очистить старые win-библиотеки. Убедитесь, что папки не содержат ценных личных данных.

...