У меня есть следующая таблица mytable.tsv:
ABCI15.1 IM3
ABCK16.1 IMNCY
ABCK16.1 IM5
ABCI15.1 IM200/IM605
ABCM13.1 IM4
ABCN06.1 IM1182
ABCN20.1 IM21
ABCN06.1 IMNCY
ABCP20.1 IM4
ABCM13.1 IM630
И я бы хотел построить график UpsetR как для этой таблицы, так и для транспонированной.
Итак, мой первый график ( формирование пересечений из групп во втором столбце путем суммирования первого столбца) будет:
df = read.table(file="mytable.tsv", header=F)
df2 = acast(df, V1~V2, value.var="V2")
df3 = setDT(as.data.frame(df2), keep.rownames = TRUE)[]
upset(df3)
и мой транспонированный:
df4 = t(df2)
df4 = setDT(as.data.frame(df4), keep.rownames = TRUE)[]
upset(df4)
Однако я вхожу в в обоих случаях возникает следующая ошибка:
Error in start_col:end_col : argument of length 0
Почему это так? И как мне это решить?