UpsetR изменить набор именных меток на графике - PullRequest
Новая
       23

UpsetR изменить набор именных меток на графике

1 голос
/ 22 апреля 2019

Я пытаюсь изменить метки набора имен в моем графике UpsetR (используя функцию Upset) на строку из нескольких слов. Вместо «A», «B», «C» в качестве меток набора я хочу, чтобы метки набора отображались как «A Description», «B Description», «C Description». Я не хочу периодов или подчеркиваний между словами. 

test <- upset(grouped_hot,
sets= c("A Description", "B Description","C Description", "N Description"),
nintersects = 8, 
mb.ratio = c(0.6, 0.4),
sets.x.label = "Number of Patients",
sets.bar.color =  "#56B4E9", 
mainbar.y.label = "Number of Patients",
order.by = "freq", 
empty.intersections = "on", 
keep.order = FALSE,
 scale.sets = "identity", 
att.pos = "top", 
text.scale = c(2.5,2.5,2,1.5,2.5,2.5))

Фактический результат заключается в том, что мои наборы на моем изображении помечены как A.Description, B.Description и C.Description. Однако я не хочу промежутков между словами и вместо этого хочу пробел. Любые идеи, чтобы изменить имена меток набора имен только для целей сюжета? Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 27 мая 2019

Я использую функцию расстройства немного по-другому, но тогда это может помочь вам, если вы сможете переформатировать / переупорядочить свои входные данные.

Здесь: 

##make input list
listInput = list(data.list1,
                 data.list2,
                 data.list3)
##rename list
names(listInput) = c("Name 1", "Name 2", "Name 3")

#make diagram
upset(fromList(listInput), order.by = "freq", #input, descending order  
      mainbar.y.label = "Number of common genes", #y axis
      sets.x.label = "Number of genes \nin the dataset", #x axis small plot
      main.bar.color = "black",
      sets.bar.color = "black",
      mainbar.y.max = 10 #y axis adjustment
        )

Это читаетустановите имена как Имя 1, Имя 2 и Имя 3.

Надеюсь, это поможет :) Ана

...