Вы можете создать файл и назвать его .gitignore
в root проекта, и в этом файле разместить каждый каталог, который нужно исключить, по git, например:
my_folder
my_folder2
Выше будет исключено из git отслеживаемых файлов.
Если вы уже отслеживаете файлы, эта команда удалит их из индекса:
git rm -r --cached <folder>