Я видел это раньше ... py2exe по какой-то причине не обнаруживает, что эти модули нужны внутри ZIP-архива, и оставляет их вне.
Вы можете явно указать модули для включения в командную строку py2exe:
python setup.py py2exe -p win32com -i twisted.web.resource
Нечто подобное. Читайте о возможностях и экспериментируйте.