Для оптимизации конвейера важно знать правила или пути ограничения скорости. Основываясь на анализе DAG, есть ли подходы, которые могли бы легко рассчитать критический путь или ключевые события?
Это широкий вопрос, на который нужно ответить, но вас может заинтересовать аргумент командной строки --runtime-profile, который можно использовать для профилирования кода Snakemake с помощью yappi .
--runtime-profile