Фиксация масштаба для размера узла на графиках гаплотипов пегаса - PullRequest
Новая
       17

Фиксация масштаба для размера узла на графиках гаплотипов пегаса

0 голосов
/ 08 июля 2020

Я создал сети гаплотипов в pegas согласно: Как построить диаграммы P ie в hapl oNet Сети гаплотипов {pegas}

Я создаю несколько сетей гаплотипов и хотели бы, чтобы размеры узлов были одинаковыми для всех графиков. Есть ли способ исправить это, чтобы, например, узел размера c всегда означал, что один человек имеет этот гаплотип?

Заранее спасибо!

Ниже приводится код, который я использую для каждой сети. 

 h <- haplotype(msa)
 h <- sort(h, what = "label")
 net <- haploNet(h)
  
  # Get status
  ind.hap <- with(
        utils::stack(setNames(attr(h, "index"), rownames(h))),
        table(h = ind, pop = attr(msa, "name")) )
  
# Plot network
plot(net, bty = 'L', xpd = FALSE, labels = FALSE, pie = ind.hap,show.mutation = 2,scale.ratio = 1.5,cex = .5,
       size = attr(net, "freq"), bg = inc_col_pal[dimnames(ind.hap)$pop])

сети гаплотипов с несовместимыми размерами узлов

...