Насколько я понял, вы пропускаете повторяющиеся строки, поэтому все строки, которые вы пропускаете, удовлетворяют условию if lines[0] == "I"
В этом случае вы можете использовать itertools.filterfalse
from itertools import filterfalse
with open('Lammps_D.txt', 'r') as file:
data = file.readlines()
coordinate = filterfalse(lambda x: x[0] == "I", data)
Координата теперь является генератором, если вы хотите, чтобы она была в виде списка, просто добавьте
coordinate = list(coordinate)