После того, как программа удалила все нестандартные стоп-слова из строки, вот что вы можете сделать, чтобы удалить пользовательские:
custom_stops = ["stopword1", "stopword2"]
s = 'I am very stopword1 and also very stopword2!'
for c in custom_stops:
s = s.replace(c,'').replace(' ',' ')
print(s)
Вывод:
I am very and also very !