Похоже, проблема просто в том, что fileBuffered пуст к моменту загрузки. Узел / Javascript синхронный. Вам нужно поставить что-то вроде этого, чтобы исправить проблему.
let fileBuffered = '';
let dropboxPromise = new Promise(function (resolve, reject) {
dropbox(params, function (err, result) {
if (err) {
reject(err);
} else {
resolve(result);
}
}).on('data',function(data) {
fileBuffered += data;
}).once('end', () => {
const file = `data:application/pdf;base64, ${Buffer.from(fileBuffered).toString("base64")}`;
res.setHeader("Content-Type", "application/pdf");
res.setHeader("Accept-Encoding", "base64");
res.send(file);
});
});