Если значение должно изменяться во время выполнения, на мой взгляд, оно не принадлежит файлу .properties и определенно не принадлежит вашему EAR.
Лично я бы предпочел иметь что-то подобное внутри базы данных (если она у меня есть). У вас также может быть «сервер конфигурации», который ваше приложение может вызывать через REST, но это, вероятно, излишне. Если вам абсолютно необходим файл свойств - используйте тот, который находится за пределами вашего файла EAR, и используйте обычный том. Предполагается, что EAR является неизменяемым, и его изменение во время выполнения принесет вам только боль.