Я поискал множество онлайн-источников, чтобы решить эту проблему, но не смог. Я использую функцию getBM() biomaRt, но получаю ошибку. Я использовал этот код как 7 месяцев a go без каких-либо ошибок, но теперь он дает ошибку, и я думаю, что это, вероятно, должно быть из-за сервера ????
, что я использую:
db <- useMart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL',dataset='mmusculus_gene_ensembl', host="www.ensembl.org")
go_ids <- getBM(attributes=c('go_id', 'ensembl_gene_id', 'namespace_1003'), filters='ensembl_gene_id', values=bg_genes, mart=db)
values=bg_genes - это около 20000 идентификаторов генов. Я пробовал с меньшим количеством идентификаторов генов (10), тогда это сработало.
ОШИБКА:
Error in getBM(attributes = c("go_id", "ensembl_gene_id", "namespace_1003"), :
The query to the BioMart webservice returned an invalid result: biomaRt expected a character string of length 1.
Please report this on the support site at http://support.bioconductor.org
Есть ли другой способ решить эту проблему? Мне нужны все мои ~20000 в values=bg_genes