Как я могу сравнить ортогональные контрасты с помощью emmeans для модели lme4? - PullRequest
Новая
       105

Как я могу сравнить ортогональные контрасты с помощью emmeans для модели lme4?

0 голосов
/ 01 августа 2020

У меня смешанная модель lme4 с несколькими переменными. Меня интересует ортогональный контраст для одной из переменных в модели, которая состоит из трех групп (скажем, A, B, C). Я хочу сравнить A со средним значением B и C. Как я могу сделать это с помощью emmeans в R?

1 Ответ

0 голосов
/ 01 августа 2020

Вот один подход, который, как мне кажется, будет работать: 

mtcars$cyl <-as.factor(mtcars$cyl)

fit <- lm(mpg ~ wt + cyl, mtcars)

library(emmeans)
fit

emm_fit <- emmeans(fit, specs = "cyl")

contrast(emm_fit, list(cyl = c(1, -.5, -.5)))

Это эквивалент x_1 - .5x_2-.5x_3

Это приводит к следующему: 

contrast estimate   SE df t.ratio p.value
 cyl          5.16 1.37 28 3.781   0.0008

Подходит для модели, использует emmeans для определения маргиналов, затем в функции contrast мы смотрим разницу между 4 цилиндрами и средним значением 6 и 8. Подробнее см. https://cran.r-project.org/web/packages/emmeans/vignettes/comparisons.html#contrasts

...