Из справки:
2to3 --help
...
-x NOFIX, --nofix=NOFIX
Prevent a transformation from being run
-l, --list-fixes List available transformations
...
С помощью --list-fixes
мы находим преобразование, которое нужно игнорировать, unicode
.
Результат: 2to3 --nofix=unicode
.