Ваша диаграмма использования диска показывает, что в файловой системе наложения используется много дискового пространства, поэтому Docker контейнерная файловая система объединяет. Это говорит о том, что у вас работает несколько больших контейнеров. Они могли быть большими для начала или записывать двоичные данные в файловую систему контейнера во время работы.
Чтобы разобраться в этом, вы можете либо взглянуть на свой мониторинг (если он есть). Или вы можете ввести sh в затронутый узел и попытаться идентифицировать «виновный» модуль с помощью:
du --max-depth=1 /var/lib/docker/overlay2/ | sort -n
и последующего: du | sort -n в самой большой папке.