Минимальный воспроизводимый пример (с матрицей из одного столбца, где ковариационная матрица сводится к дисперсии):
cov.wt(as.matrix(1:2), c(1,3))$cov
var(c(1, 2, 2, 2))
Кажется, это ошибка, потому что я думаю, что cov.wt даже не использует аргумент weights:
cov.wt(as.matrix(1:2), c(1,30))$cov
cov.wt(as.matrix(1:2), c(10,3))$cov
cov.wt(as.matrix(1:2), c(10,30))$cov
cov.wt(as.matrix(1:2), c(123,987))$cov