Это могло произойти из-за конфликтов между загруженными пакетами. Я бы порекомендовал вам заявить о своих предпочтениях с назначением
packagename :: functionNames
Я добавил для dplyr, пожалуйста, добавьте также для функций карты и поезда.
model_gbm=finaldata %>%
dplyr::nest(-frqGroup) %>%
dplyr::mutate(
fit = map(data, ~ train(Eng_Class~.,data=.x,
method="gbm",
trControl=control,
verbose=TRUE)))