Скорее всего, происходит переназначение номера порта, поэтому эти экземпляры не работают. ИЛИ это зависит от того, будет ли запущен экземпляр Visual Studio с запуском IIS Express в фоновом режиме.
Я предлагаю зарегистрировать их в вашей локальной версии IIS, чтобы избежать каких-либо осложнений, с которыми вы можете столкнуться с Visual Studio и IIS Express.