Добавьте номер пакета к данным, и тогда вы сможете запрашивать данные, возвращая только последний пакет. Примерно так.
Во время вставки
DECLARE @Batch INT = (SELECT MAX(BatchNo)+1 as NextBatchNo FROM myTable)
IF @Batch IS NULL
SET @Batch = 1
INSERT INTO myTable (firstColumn, secondColumn, anotherColumn, BatchNo)
SELECT firstColumn, secondColumn, anotherColumn, @Batch
FROM mySourceDataTable
Чтобы вставить последние строки
SELECT * FROM myTable
WHERE Batch = (SELECT MAX(Batch) FROM myTable)