auto scene = Scene::createWithPhysics();
В первом примере вы вызываете stati c метод createWithPhysics, который выделяет память для нового объекта Scene, выполняет некоторые базовые c настройки для него и возвращает указатель.
Scene* scene;
scene->createWithPhysics();
Во втором Например, вы создаете пустой указатель на объект Scene, а затем вызываете для него какой-то метод. Он должен вызывать исключение, потому что указатель не инициализирован (указывает в никуда).