Вам не совсем понятно ваше описание - вы указали для файла ярлык или добавили его в папку Folder1 с помощью VS Solution Explorer и добавили существующий элемент в качестве ссылки?
Два метода совершенно разные. Если вы просто вошли в файловую систему и добавили ярлык, то это не будет автоматически частью проекта, если вы специально не добавите его. И если вы добавили его, то он, очевидно, не может быть скомпилирован, лучшее, что вы могли бы сделать, это просто установить его на No Compile и скопировать в выходной каталог.
Если вы добавили файл в папку 1 с помощью обозревателя решений VS и добавили его в качестве ссылки, он будет частью проекта и будет включен дважды, но он будет помещен в папку Folder1 под bin / debug или папку bin / release при сборке. Столкновения не будет, поскольку они находятся в разных папках и не компилируются, а просто копируются в структуру папок в выходном каталоге.
Редактировать: и он не будет частью сборки, если вы не установите его в качестве ресурса или встроенного ресурса. Если вы сделаете это, то да, он будет в сборке, но под двумя разными путями ресурсов.