Как я могу отобразить вывод jgraph.draw () в Python? - PullRequest
Новая
       35

Как я могу отобразить вывод jgraph.draw () в Python?

0 голосов
/ 17 июня 2020

В проекте pyhton я попытался использовать библиотеку igraph, но обнаружил, что ее имя было обновлено до jgraph. Моя проблема здесь в том, что всякий раз, когда я использую jgraph.draw (), я не вижу вывода, все, что я получаю, это

«I Python .core.display. HTML object»

Я также пробовал библиотеку I Python .display, чтобы отобразить это, но мне не повезло

мои вершины здесь гены, а края - miRna 

import jgraph

from IPython.display import display, HTML
Genes=['PLXNC1\\n', 'GK\\n', 'ATP6V1A\\n', 'PPP1R3B\\n', 'PAK2\\n', 'S100A8\\n', 'TNFAIP6\\n', 'CD46\\n']

miRna = [['hsa-miR-4778-3p', 'hsa-miR-4659b-3p', 'hsa-miR-4659a-3p', 'hsa-miR-4303', 'hsa-miR-1200', 'hsa-miR-12119', 'hsa-miR-6744-5p', 'hsa-miR-4753-3p', 'hsa-miR-6875-3p', 'hsa-miR-8087', 'hsa-miR-2054', 'hsa-miR-376a-5p', 'hsa-miR-4677-3p', 'hsa-miR-3529-3p', 'hsa-miR-3605-5p', 'hsa-miR-4424'],
         ['hsa-miR-7155-3p', 'hsa-miR-3136-3p', 'hsa-miR-4318', 'hsa-miR-6873-5p', 'hsa-miR-6776-3p', 'hsa-miR-1179', 'hsa-miR-3691-5p', 'hsa-miR-6081'],
         ['hsa-miR-6738-3p', 'hsa-miR-766-5p', 'hsa-miR-4778-3p', 'hsa-miR-544a', 'hsa-miR-4727-5p', 'hsa-miR-6807-5p', 'hsa-miR-6740-3p', 'hsa-miR-188-3p', 'hsa-miR-5189-5p', 'hsa-miR-1285-3p'], 
         ['hsa-miR-5197-3p', 'hsa-miR-2682-5p', 'hsa-miR-449c-5p', 'hsa-miR-34b-5p', 'hsa-miR-630', 'hsa-miR-7976', 'hsa-miR-605-3p', 'hsa-miR-4420', 'hsa-miR-181b-3p', 'hsa-miR-181b-2-3p', 'hsa-miR-6779-3p', 'hsa-miR-101-5p', 'hsa-miR-6856-3p', 'hsa-miR-6716-5p', 'hsa-miR-3714', 'hsa-miR-3154', 'hsa-miR-6762-3p'],                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ['hsa-miR-342-3p', 'hsa-miR-1291', 'hsa-miR-6775-3p', 'hsa-miR-6771-3p', 'hsa-miR-511-5p', 'hsa-miR-494-5p', 'hsa-miR-410-5p', 'hsa-miR-323b-5p', 'hsa-miR-450b-5p', 'hsa-miR-1285-5p'],
         ['hsa-miR-4299', 'hsa-miR-10526-3p', 'hsa-miR-7113-3p', 'hsa-miR-449b-3p', 'hsa-miR-4680-5p'], 
         ['hsa-miR-483-3p', 'hsa-miR-7152-5p', 'hsa-miR-486-5p', 'hsa-miR-215-3p', 'hsa-miR-627-5p', 'hsa-miR-8063', 'hsa-miR-587', 'hsa-miR-12136', 'hsa-miR-3674', 'hsa-miR-5692a', 'hsa-miR-4446-5p', 'hsa-miR-520e-5p', 'hsa-miR-376b-3p', 'hsa-miR-376a-3p', 'hsa-miR-23c', 'hsa-miR-23b-3p', 'hsa-miR-23a-3p', 'hsa-miR-7853-5p', 'hsa-miR-105-5p', 'hsa-miR-4439', 'hsa-miR-3136-5p', 'hsa-miR-4766-5p', 'hsa-miR-561-3p', 'hsa-miR-5700'],
         ['hsa-miR-7152-3p', 'hsa-miR-3667-3p', 'hsa-miR-7152-3p', 'hsa-miR-3692-5p', 'hsa-miR-3667-3p']]

#print(len(miRna))


slist=[]
tup=()
for i in Genes:
    for h in miRna:
        for j in h:
            tup = (i, j)
            slist.append(tup)
#print(slist)

jgraph.draw(slist, shader="lambert", default_node_color=0x383294,
            z=200, size=(800, 600))
...