Используя отражение вы могли бы.
Опросить каталог для добавленных файлов, а затем, если вы его найдете, загрузить его с помощью отражения и запустить внутри него какой-нибудь метод Main.
Однако вы не можете «выгрузить» эти библиотеки DLL, если они не загружены в отдельные домены приложений.