rpy2 не может найти libR.so при запуске из PyCharm - PullRequest
Новая
       110

rpy2 не может найти libR.so при запуске из PyCharm

0 голосов
/ 04 августа 2020

Я думаю, что это очень странная проблема.

import rpy2.robjects as ro выдает исключение OSError при запуске из PyCharm, но не в консоли python, ни при запуске сценария python из терминал:

OSError: cannot load library '/usr/local/lib/R/lib/libR.so': libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory

PyCharm использует /usr/bin/python3.6, как показано в настройках проекта и на вкладке «Выполнить». Вот результат ls -la /usr/local/lib/R/lib: 

drwxr-xr-x  2 root root     4096 Aug  3 18:50 .
drwxr-xr-x 10 root root     4096 Aug  3 18:50 ..
-rwxr-xr-x  1 root root   433912 Aug  3 18:50 libRblas.so
-rwxr-xr-x  1 root root  5064176 Aug  3 18:50 libRlapack.so
-rwxr-xr-x  1 root root 14251952 Aug  3 18:50 libR.so

Моя ОС - Mint 19.3, у меня установлены python 3.6 и python -pip3 с использованием репозиториев apt по умолчанию, R 4.0.2 собран из исходного кода как общая библиотека и rpy2, установленный с помощью pip3. С предыдущей версией R (от apt) у меня не было проблем с использованием rpy2 в PyCharm. Мне нужно было обновить R до 4.0.2, чтобы использовать специальный пакет c. Я несколько раз пытался удалить и переустановить python, R, pip и rpy2.

...