Анализ PCA для использования VJ в R - PullRequest
Новая
       44

Анализ PCA для использования VJ в R

0 голосов
/ 11 июля 2020

У меня есть такой набор данных: 

 Subject V.gene   J.gene  frequency
   <chr>   <chr>    <chr>       <int>
 1 ECstim  TRBV20-1 TRBJ1-1         4
 2 ECstim  TRBV20-1 TRBJ2-1        14
 3 ECstim  TRBV20-1 TRBJ2-5         3
 4 ECstim  TRBV20-1 TRBJ2-7         3
 5 ECstim  TRBV4-2  TRBJ2-1         2
 6 ECstim  TRBV4-3  TRBJ2-2         2
 7 ECstim  TRBV6-1  TRBJ2-7         4
 8 ECstim  TRBV6-2  TRBJ2-3         5
 9 ECstim  TRBV6-2  TRBJ2-7         4
10 ECstim  TRBV6-4  TRBJ2-1         2

Я хотел бы сделать анализ PCA для V.gene и J.gene для субъектов и для заданных частот. Как мне это сделать? Я попытался использовать пакет tcR в R, но получил следующую ошибку:

Ошибка в colMeans (x, na.rm = TRUE): 'x' должно быть числом c

Кто-нибудь может мне с этим помочь?

...