K on и K off в кинетике обратной реакции - Netlogo - PullRequest
Новая
       16

K on и K off в кинетике обратной реакции - Netlogo

0 голосов
/ 04 августа 2020

Я пытаюсь закодировать обратную реакцию в биологии - я уже сделал это, вдохновившись примером кода, вставленным ниже. Я не понимаю, как константа скорости ассоциации (Kb в коде) и константа диссоциации (Ku в коде) влияют на прямую и обратную реакции в этом коде. Влияют ли они на скорость движения изделий после их формирования? Влияют ли они на скорость, с которой они формируются? Я хочу, чтобы Ku влиял на сродство к субстратам при формировании продукта, а Ku влиял на время диссоциации продуктов. Продукт представляет собой сложное образование из двух субстратов.

Кроме того, почему они умножают Kb на 2? Чтобы замедлить или ускорить работу комплекса продукта? Он должен замедлиться из-за увеличения массы. 

breed [reactants reactant]    ;; reactants are green, products are red breed [products product]

to setup   clear-all   set-default-shape reactants "molecule1"   set-default-shape products "molecule2"   create-reactants number
    [ set color green
      setxy random-xcor random-ycor ]   reset-ticks end

to go   ask turtles
    [ rt random-float 10 - random-float 10  ;; wander around randomly
      fd 1 ]   ask turtles
    [ ifelse (breed = reactants)
        [ react-forward ]  ; reactants
        [ react-backward ] ; products
    ]   tick end

to react-forward   if (any? other reactants-here) and
     ;; multiply Kb by 2 because 2 molecules are involved
     random-float 1000 < (Kb * 2)
    [ ask one-of other reactants-here
        [ die ]
      set breed products
      set color red ] end

to react-backward   if (random-float 1000) < Ku
    [ set breed reactants    ;; change back to reactant
      set color green
      ;; then split into two reactants
      hatch 1 [ set heading random 360 ] ] end
...