Копирование части dll невозможно (или, говоря лучше, все возможно, но это настоятельно не рекомендуется).
Также невозможно публиковать sh только библиотеки dll, а не pdf, потому что VisualStudio копирует всю папку publi sh.
В вашем случае я бы предложил что вы используете хранилище Azure, такое как Blob или File Share. Поместите свои PDF-файлы в учетную запись хранения, чтобы они были полностью отделены от вашего приложения. Вместо того, чтобы искать файлы pdf в папке root, вы можете получить их из хранилища.